之后朱?y与皇甫嵩合作愉快，在镇压汝南、陈国地区的黄巾军时，连连取胜。皇甫嵩上表朝廷，将致胜之功推给朱?y，朝廷封朱?y为西乡侯，迁镇贼中郎将。

不久黄巾首领张曼成在南阳郡起兵，自称\"神上使\"，拥众数万，猎杀南阳郡太守褚贡，屯驻宛城，即时下河南省南阳市。朝廷派朱?y、荆州刺史徐?，汇同秦颉，合兵近两万，进击宛城，双方拉据半年余，经过斗智斗勇，朱?y最终以少胜多，打败黄巾守军，斩杀首领韩忠。

翌年春，朝廷任命朱?y为右车骑将军。不久召其率兵回京，被任命光禄大夫，增加食邑五千户，改封钱塘侯，加位特进。后因母死离职回家服丧。服毕回归朝廷，任将作大匠，转任少府、太仆。

伴随黄巾起义，各地不满东汉苛政的农民，争相效仿，纷纷举义，说话大声的就自称\"雷公\"，骑了一匹白马的就自称\"张白骑\"，行动轻便的就说是\"飞燕\"，胡须多的就号称\"于氏根\"，大眼的就说\"大目\"等，这些乱民组织，多的二、三万人，小的也有六、七千人，内中有个名叫张燕的头领，自称聚众百万，占据黑山，屡侵河内郡，进逼京师。朝廷任命朱?y为河内太守，朱?y不辱使命，扼止了张燕的频繁进扰，后来张燕部大多被袁绍讨平。此后，朱?y历任光禄大夫、屯骑校尉、城门校尉、河南尹。

公元189年，东汉政坛发生剧变，先是汉灵帝驾崩、继而大将军何进被\"十常侍\"所杀、接着地方军阀乱京、然后董卓废少帝立献帝等。把持朝政的董卓，表面亲近朱?y，内心则甚忌惮。

翌年，发生著名的\"酸枣会盟\"，关东州郡起兵讨伐董卓，推袁绍为盟主。董卓因此恐惧，准备迁都长安。朱?y屡予阻止。董卓为求朱?y支持自己，上表汉献帝提任朱?y为太仆。使者去向朱?y宣示诏命时，朱?y不受，但再次表示反对迁都。

董卓最后还是强行迁都长安。留于洛阳的朱?y，便和山东诸将通谋，表示愿作内应，图除董卓。不想消息泄露，引起董卓戒备。朱?y害怕董卓袭杀自己，弃官逃往荆州，然后传信各个州郡，召请部队讨伐董卓。徐州刺史陶谦派来精兵三千，并上表奏任朱?y代理车骑将军。董卓派李?唷⒐?崧示?值仓?y，并击败朱?y。朱?y退至关下，不再前进。

董卓死后，李?嗖尚盘?局苤摇⑸惺榧众嫉募撇撸?蕴熳又??髡僦?y入朝。陶谦等部将皆劝朱?y拒绝，朱?y以\"为臣不可违天子令\"为由，奉诏入京接替周忠的太仆之职，录尚书事。两年后，天上出现日食现象，朱?y被免太仆职，任代理骠骑将军，持节镇抚关东。尚未出行时，李?唷⒐?岱⑸?谮В?嗷スド保?ぐ泊舐摇＠?嘟俪趾合椎鄣阶约旱挠?校?椎勖??y和太尉杨彪等人去说服郭汜，让他与李?嗪徒狻９?岵唤鼍芫???医??y、杨彪等扣为人质。朱?y性烈，激愤大怒之余，骤然而死。

《全后汉书》有朱?y的作品一篇：《奏上灵怀皇后尊号》。北宋年间成书的《十七史百将传》中，朱?y位列其中。

朱?y儿子朱??，官至豫章太守。另有一说，交州刺史朱符应是朱?y长子，但因其名声不佳，恐给朱?y形象抹黑，故《后汉书》等未有记载。

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