十月，在付出一百二十三名超级士兵的代价后，人类赢得了格尔冈尼反击战的胜利，智械开始退却。

西历4340年，人类开始有序反攻。

西历4344年，在ITW超级士兵的带领下，人类一步步取得胜利。

西历4348年，人类进攻到了一切的起源，格特里斯市。

西历4349年三月，胜利在望之际，名为结晶病的病毒突然爆发，并以量子管道为基础，迅速席卷人类。得病者要么结晶化死去，要么化成不可名状的怪物，袭击着身边的一切人类。

四月，潘多拉紧急关闭通道，人类之间所有通讯链接断绝。智械抓住时机，一举偷袭成功，前线崩溃。

五月，量子管道再开，潘多拉找到在这种病毒下保护人类意识的方法，却无法根治病毒，人类的身体依然会化成怪物。

七月，前线持续崩溃，E.P不得不面对前线的智械，和身边可能突然怪物化的队友。全线崩溃下，ITW超级士兵无能为力。

八月，观察者协会下令，感染者放弃肉体，灵魂通过量子管道转移至乐园，观察者协会正式更名为，净化者协会。

九月，净化者协会下令，放弃地上世界，所有人，转移至乐园。

十月，第一批自律人型战士于乐园空投至地表世界，协助ITW超级士兵阻击敌人，努力为人类转移赢得时间。

在此后的三年间，大量自律人型被用于战场，与当时坚守的人类士兵为人类转移至乐园赢取时间。

西历4352年，人类在智械与结晶病的打打击下，节节败退。

西历4353年一月十五日，人类全员转移至乐园。

西历4353年一月十五日，最后一名ITW超级士兵引爆聚变弹，与攻入人类最后防线的智械同归于尽。

西历4353年三月，智械的太空征服计划被乐园的自卫武器打破。导弹进攻基地遭到乐园雅典娜地震炮攻击，化为一片乌有。

西历4354年，圆环被乐园放出，自律人型作为独立在乐园之外的机构，向乐园所有人类负责，一方面向地表世界的所有智械以及被病毒感染的怪物吹起反攻号角，另一方面则作为载体，等胜利到来之时，迎接人类回归。

由此开始，人类进入黑暗时代。